С 2009 года Петр Казимирович Яблонский является директором ФГБУ «СПб НИИФ» Минздрава России – старейшего центра борьбы с туберкулезом в Российской Федерации. Под его руководством институт стал базой для подготовки рекомендательных и нормативных документов, определяющих основные направления реформирования и развития фтизиатрической службы страны. Профессором Яблонским П.К. реализована впервые в мировой практике концепция применения робот-ассистированных операций при лечении больных туберкулезом легких.