Отделение организовано в 1976 г. Первый руководитель отделения – д.м.н. Патрикян Иван Тигранович. В разные годы отделение возглавляли: д.м.н. Струков В.А., д.м.н. Туманов И.П., д.м.н. Деражне И.А., к.м.н. Зонтов С.В., д.м.н. Семеновский А.В., к.м.н. Олейник А.Н., д.м.н. Косников А.Г., к.м.н. Джумаева Л.М. На отделении работал выдающийся хирург Рогозов Л.И.
Проводится консультирование пациенток, находящихся на лечении в НИИФ, ведутся консультативные приёмы в амбулаторно-поликлиническом отделении по предварительной записи. Через Бюро заочных консультаций осуществляются консультирование пациенток из всех регионов Российской федерации и зарубежья.
Производится обследование женщин с хроническими воспалительными заболеваниями матки и придатков, бесплодием, невынашиванием беременности, различными формами нарушений менструального цикла. С целью дифференциальной диагностики неспецифической и туберкулёзной этиологии воспалительных заболеваний органов малого таза проводится туберкулинодиагностика, серологическое исследование крови, бактериологические и ПЦР – исследования, магниторезонансная томография малого таза. Женщинам, планирующим ЭКО, выполняется гистеросальпингография, аспирационная биопсия эндометрия, исследование гормонального фона, обследование на инфекции, передаваемые половым путём, в том числе анализ крови на иммуноглобулины. Широко используется гистероскопия, позволяющая произвести осмотр полости матки и под визуальным контролем удалить полипы эндометрия, цервикального канала, определить наличие миоматозных узлов и синехий в полости матки. Имеется возможность иммуногистохимического и бактериологического исследования биоптатов эндометрия.
Лапароскопическая диагностика в рамках установления причин бесплодия позволяет диагностировать на ранних этапах наружный генитальный эндометриоз, спаечный процесс малого таза, провести гидрохромотубацию маточных труб, при необходимости - биопсию яичников. Выполняется практически весь спектр гинекологических операций. При консервативном лечении бесплодия широко используются физиотерапевтические методы. Производиться подбор химиотерапии при генитальном туберкулёзе.
На отделении проводится консервативное и хирургическое лечение пациентов с туберкулёзом органов брюшной полости, лимфатических узлов, желчнокаменной болезнью, язвенной болезнью желудка и двенадцатиперстной кишки, опухолями различной локализации, спаечной болезнью, кишечными свищами, грыжами брюшной стенки, варикозным расширением вен н/к.